@dby656
Zu Problem 1:
Am richtigsten wäre es, den Einhängepunkt passend für den gewählten Bootloader zu wählen. Grub nutzt standardmässig /boot/efi, kommt aber auch mit /efi klar. Falls der Benutzer in der Lage ist, Grub dann auch entsprechend zu installieren/konfigurieren.
Für systemd-boot muss das nicht zwingend stimmen. systemd-boot nutze ich aber nicht. Kann demzufolge nur recht wenig darüber schreiben.

Zu Problem 2:
Tönt nach einem Bug (Feature) in FreeBSD (wobei auch dort alles eine Datei ist) oder es liegt am Nutzer.

Zu Problem 3:
Falls ein System die Bootloaderdateien von anderen Systemen überschreibt, liegt es wohl am Nutzer. In den letzten 7 Jahren ist mir noch nie ein Bug untergekommen, der dieses Verhalten gehabt hätte.

@jolexin
Du darfst dann diese Diskussion als gelöst markieren.