Pakete die man mit anderen Optionen haben möchte kann man ja bei Arch trotzdem leicht selbst kompilieren und aktuell halten. Bei den meisten Pakete ist das aber nicht nötig. (Außnahme: PHP, Kernel und Treiber i.a.)

Naja, und wenn ein Programm eine QT und GTK-Gui haben sollte (ist wohl selten) so ist das ohnehin aufgeteilt, so daß Du auch bei Binärdistributionen wählen kannst.
Der Nachteil bei selbst kompliierten Paketen bei Binärdistributionen ist jedoch, dass diese dann "außerhalb" der Paketverwaltung liegen. Man bekommt dann leicht Probleme mit Abhängigkeiten etc.

Die Zahl der Paktete mit sinnvollen Buildoptionen ist nebenbei auch gar nicht so klein. Als weiter Beispiele seien mal Scannersuport bei KDE, OSS- oder ALSA-Support ... genannt.

Ich will auch niemanden zu Gentoo bekehren, es gibt aber eben auch Gründe, warum man ggf. eine Quelltextdistribution verwenden möchte.
Der Nachteil bei selbst kompliierten Paketen bei Binärdistributionen ist jedoch, dass diese dann "außerhalb" der Paketverwaltung liegen. Man bekommt dann leicht Probleme mit Abhängigkeiten etc.
Eigentlich nicht, wenn man die Pakete selbst erstellt. Außerdem kann man srcpac verwenden. Der merkt beim Update, wenn man selbstkompilierte Pakete hat, lädt den Sourcecode und kompiliert das neue Paket ggf. mit den eigenen Flags neu.