Der Nachteil bei selbst kompliierten Paketen bei Binärdistributionen ist jedoch, dass diese dann "außerhalb" der Paketverwaltung liegen. Man bekommt dann leicht Probleme mit Abhängigkeiten etc.
Eigentlich nicht, wenn man die Pakete selbst erstellt. Außerdem kann man srcpac verwenden. Der merkt beim Update, wenn man selbstkompilierte Pakete hat, lädt den Sourcecode und kompiliert das neue Paket ggf. mit den eigenen Flags neu.