Die allermeisten Dateien unter /etc/ssl/certs sind nur symbolische Verknüpfungen, die meistens auf Zertifikate unter /etc/ca-certificates zeigen, das wiederum sehr viele symbolische Verknüpfungen enthält.
Ich würde sie nicht sichern.
Vermutlich werden die meisten via update-ca-trust erstellt. Pakete, die Zertifikate installieren, werden diese im Normalfall auch korrekt verlinken.
Es ist im Normalfall auch besser, einen Fehler zu sehen, wenn ein Zertifikat fehlt, anstatt blind allerhand Zertifikate zu installieren.