Installieren und Benutzen sind zwei verschiedene Dinge.
- Ein Programm wird typischerweise als root installiert. Ausnahmen sind Installationen in andere Verzeichnisse (ich hab die Programme gerne in meines Benutzers ~/.local), allerdings unterstützt pacman das nicht, d.h. mit pacman installierst du immer als root
- Ein Programm ist dann entweder eine Systemapplikation (z.B. init, oder ein Nameserver, oder ein Mailserver) und speichert seine Laufzeitdaten in /var ab und wird typischerweise von einem Systembenutzer (kann u.A. root sein) gestartet - oder aber es ist eine "gewöhnliche" Applikation und speichert die Laufzeitdaten im Heimverzeichnis des entsprechenden Benutzers ab (in deinem Beispiel die Mails und Einstellungen usw. in ~/.claws-mail). Diese sind natürlich nur für den entsprechenden Benutzer benutzbar.
Die zweitgenannten, "gewöhnlichen" Applikationen (Mail-Clients, Webbrowsers, Chat-Clients, Office-Applikationen, usw.) sollten
nicht als root gestartet werden, da sonst merkwürdige Probleme entstehen (z.B. .doc Dateien auf welche du keinen Zugriff hast, oder Sicherheitslücken, die sich auf das ganze System niederschlagen).
Erklärung für dein Problem: Claws-Mail hat seine Daten unter /root/.claws-mail gespeichert, und diese Dateien sieht Claws-Mail nicht, wenn du es normal startest.