Der CorePointer sollte IMHO immer ein möglichst generischer Eintrag sein. Dieser Eintrag spricht prinzipiell alle Mäuse an. Wenn du weitere Eingabegeräte mit speziellen Treibern oder Options ansprechen willst, dann spezifizierst du das zu verwendende Gerät in einer neuen Section genauer und fügst die Option "SendCoreEvents" "true" hinzu.
Hier ein Beispiel für ein Notebook mit Touchpad:
Section "InputDevice"
Identifier "Mouse"
Driver "mouse"
Option "CorePointer"
Option "Protocol" "auto"
Option "Device" "/dev/input/mice"
Option "ZAxisMapping" "4 5"
EndSection
Section "InputDevice"
Identifier "Synaptics Touchpad"
Driver "synaptics"
Option "SendCoreEvents" "true"
Option "Device" "/dev/psaux"
Option "Protocol" "auto-dev"
EndSection
Anschließend machst du dem Server alle zu verwendenden Eingabegeräte bekannt indem du sie in der Section Serverlayout einträgst.
Section "ServerLayout"
Identifier "Simple Layout"
Screen "Screen"
InputDevice "Keyboard"
InputDevice "Mouse"
InputDevice "Synaptics Touchpad"
EndSection
Es ist IMHO keine gute Idee, das Touchpad zum CorePointer zu erklären. Wenn du es so machst wie oben solltest du keine Probleme haben.