Ich habe mir vor kurzem vlc selbst gebaut
Version 0.9.2-1
wenn ich aber jetzt pacman -Syu ausführe will mir Pacman auch immer vlc auf die alte 0.8.6i-3 version aktualisieren.
Wenn ich jetzt angebe das vlc ignoriert werden soll bekomme ich folgende meldung 
Warnung: vlc: Ignoriere Paket-Aktualisierung (0.9.2-1 => 0.8.6i-3)
woran liegt es jetzt das 0.8.6i-3 angeblich neuer als 0.9.2-1 ist?
wenn ich die beiden vergleiche komme ich auf
0>0? -> Nein
9>8? -> Ja => Version 0.9.2-1 ist neuer als 0.8.6i-3
pacman -Syu arbeitet auf Basis der Repo-Datenbank-Files (*.db.tar.gz). Deine Version ist zwar
installiert und aktueller (ohne ignore hast du sicher Hinweise darauf bekommen), findet sich aber
in keinem Repo.
Also entweder mit ignore plus der Warnmeldung leben oder ein eigenes lokales Repo aufsetzen
(was sich für mehrere Pakete lohnt, die ggf. auch selbst aktualisiert werden).
Also hier mal die Pacman ausgabe: 
# pacman -Su
:: Starte komplette Systemaktualisierung...
Warnung: live-media: Lokale Version (2008.09.02-1) ist neuer als extra (2008.05.12-1)
Löse Abhängigkeiten auf...
Suche nach Zwischen-Konflikten...

Pakete (1): vlc-0.8.6i-3 [8,83 MB]

Gesamtgröße der heruntergeladenen Pakete: 0,00 MB
Gesamtgröße der installierten Pakete: 24,23 MB

Installation fortsetzen?  [J/n]
live media habe ich auch selbst gebaut und hier klappt es mit der Versions überprüfung. Nur bei VLC nicht.

Ein eigenes Repo hatte ich auch mal. Muss das nur mal wieder pflegen sobald ich Zeit habe.
Evtl. ist in vlc das force-Flag gesetzt. Dann möchte pacman immer aktualisieren; unabhängig von der Version.