Evtl. hilft dir das ja schon weiter:
http://wiki.archlinux.de/?title=Soundkarte:_hda-intel
Ansonsten: schon ma versucht, als root die funktionierenden Einstellungen mit
alsactl store zu speichern und - wenn es als User nicht meht geht - diese auch als
root wieder zu restoren.
Oder /etc/rc.d/alsa restart auszuführen.
Evtl. auch mal versuchen (statt reboot), das snd-hda-intel modul zu entladen (ggf vorher
noch davon abhängige) und wieder zu laden (per Hand oder per /e/rc.d/alsa start).
Liese sich evtl. in ein Skript packen.