Ob compiz das so schluckt kann ich nicht sagen, aber funktioniert denn dein Alias?
Zeigt: alias alle deine Aliasse (auch den definierten)?
Kannst du compizurxvt per Hand starten?
Gerade mit einem eigenen Alias getestet, evtl. solltest du deinen so definieren
alias compizurxvt="urxvt -depth 32 -bg rgba:0000/0000/0000/cccc -fg white +sb"
Änderungen an der profile werden ja auch nur eingelesen wenn du eine Login-Shell
startest: zum händischen Testen also in einer Shell starten: bash -l (l=klein L) erst dann
siehst du den Alias. Oder halt komplett Ab- und wieder Anmelden.