Mit: "Beim ersten booten in arch ging alles normal." meinst du nicht nur den Boot
über die Install-CD, sondern schon einen richtigen Boot bei dem du auch den grub
gesehen hast?
Ansonsten würde das ja heißen: irgendetwas in Windows hat dir evtl. den MBR
verhunzt. Nutzt du dort zufällig irgendein "Security"/Überwachungstool o.ä. was
evtl. meint einen "Virus" o.ä. im MBR entdeckt zu haben?
Siehst du noch das Grub-Auswahlmenü bzw. kannst du für den Arch-Eintrag noch mit
der Taste e diesen Eintrag editieren? Oder wäre schon früher Schluß?
Reparieren kannt du versuchen nach dieser Anleitung:
http://wiki.archlinux.de/?title=Grub#Bootloader_und.2Foder_MasterBootRecord.28MBR.29_.C3.BCberschrieben.2Fdefekt