Das liegt daran, weil Windows stinkt! Hatte das Problem kürzlich bei zwei Rechnern kurz hintereinander. Mein Bruder wollte in linux reinschnuppern und ich wollte ihm deshalb nen kubuntu verpassen. Er hat seine Daten gesichert, ich hab mit live CD die Partitionen vorbereitet und der schluckt die Win CD nicht mehr - also gab's vorerst nur kubuntu. Kurt drauf wollt ich den PC meiner Mutter auch auf Dualboot umstellen und da ich dort eh die Systempflege mache arch drauf machen. Also Partitionen vorbereitet und auch hier selbes Ergebnis.
Lösung: Du musst alles platt machen, alle Partitionen, so dass die Platte komplett unpartitioniert ist und dann bootet deine Win CD wieder. Evtl kannst du ja mittels dd und externer Platte dein Arch System retten und später mit Hilfe einer liveCD wieder zurückspielen - dann musst du nicht alles neu konfigurieren.
Edit
@killajoe im Normalfall wird "nur" der mbr überschrieben, aber wenn die Win CD bis "Setup untersucht die Hardware" oder so startet und es dann schwarz wird ist es mit ziemlicher Sicherheit mein beschriebenes Prob. Hatte das zuvor auch noch nie aber, da binnen vier Wochen zweimal.