Hauptfehler in deiner PKGBUILD ist:
make prefix=$startdir/pkg/usr install
Das muß lauten:
make DESTDIR=$startdir/pkg install
Nur durch DESTDIR wird der korrekte Inhalt für das ArchPaket erstellt.
make install muß ja in dem Build-Verzeichniss als Ziel ausgeführt werden, damit
nicht "real" (wie bei dir) installiert wird.
Wenn du makepkg als root ausgeführt hast, dann hast du dir evtl., schon reale
daten in /lib/mudules/... überschrieben.
Um ein Paket zu bauen braucht es keine Root-Rechte, außer evtl. fakeroot zum
Installieren evtl. benötigter Abhängigkeiten (die bei dir auch ncoh fehlen).
Schau dir am besten mal das Arch-PKGBUILD zum ndiswrapper (den es ja in dieser
Version auch als Paket gibt, warum willst du ein eigenes Paket?).
http://cvs.archlinux.org/cgi-bin/viewcvs.cgi/network/ndiswrapper/?cvsroot=Extra&only_with_tag=CURRENT