Nach etwas googlen bin ich auf folgende Lösung gestoßen:
http://psychocats.net/ubuntu/nonautilusplease
Der Trick besteht scheinbar darin, die Dateien /usr/share/applications/nautilus*.desktop,
zu modifizieren, genauer die Einträge für Exec und TryExec den eigenen Wünschen anzupassen.