Hat dann mit den Quotes nichts zu tun, denke ich. Das bemängelte Zeichen ist der Punkt, und das wird bei deinem Beispiel im Eingangsbeitrag auch ohne su
bemängelt:
niemand@MIN ~ % gsettings set org.gnome.system.proxy ignore-hosts "127.0.0.1, ::1, localhost"
invalid character in number:
127.0.0.1, ::1, localhost
^
Mit
gsettings set org.gnome.system.proxy ignore-hosts "['127.0.0.1', '::0', '…']"
respektive
su -c \"gesettings set org.gnome.system.proxy ignore-hosts \"'[127.0.0.1]', '::1', '…']\""
lässt sich das gewünschte Ergebnis erzielen.