Zum eingeben könntest du z.B. einen Terminalemulator benutzen, der die Möglichkeit bittet, emojis einzugeben. Kitty kann das zum Beispiel über die Unicode-Eingabe.
Umbenennen geht ganz normal wie bei allen anderen Dateien auch. Emojis sind ja nichts weiter als Unicode-Zeichen. Technisch gibt es zwischen a b c und ⛱ 😊 🚲 keinen wirklichen Unterschied, nur, dass die Zeichen halt aus einem anderen Codebereich stammen.
Unabhängig vom verwendeten Programm gibt es zum Beispiel Projekte wie rofimoji.