Du kannst das Paket packagekit vorläufig mal entfernen und schauen ob pacman dann fehlerfrei durchläuft.
(Du musst auch die Pakete entfernen die paketkit abhängig benötigen https://www.archlinux.de/packages/community/x86_64/packagekit)
Wahrscheinlich gibt es diese Fehlermeldung "(5/6) Refreshing PackageKit...Error connecting_ " nur, weil der Post-transaction-Hook nach einem upgrade dbus verlangt und das steht in der chroot nicht zur Verfügung. Aber pacman -Syyu sollte jetzt erst einmal komplett fehlerfrei durchlaufen sonst geht es hier nicht weiter.
Edit:
Bei der Fehlermeldung von mkinitcpio -p linux
frag ich mich ob du dich überhaupt auf dem / von deinem zu reparierenden systems befindest oder ob doch etwas beim mounten und chrooten schief gelaufen ist.
Prüfe doch mal mit z.B. ls /var/cache/pacman/pkg/
o b du damit tatsächlich dein Paket-Cache angezeigt bekommst. Nur um da auch mal sicher zu gehen.
Wenn das o.K ist, dann versuche ein pacman -S linux
durchzuführen.