Edit: Der Vorschlag von Martin-MS macht mehr Sinn, als wild zu überschreiben.
Fehler meinerseits, laut man page müssen --overwrite Argumente via Komma separiert werden $(cat DATEILISTE.txt)
führt zu Leerzeichen.
Ich hatte gestern Abend auch vergessen, dass pacman bzgl. --overwrite auch Pattern auflösen kann. Ob Pfade weiter "unten" im Baum damit abgedeckt sind ist mir aber nicht bekannt.
Vielleicht funktioniert das:
pacman -Syu --overwrite /usr/\*
Wenn nicht, prüfe ob echo $(echo $(cat DATEILISTE.txt) | sed -r 's/\s+/,/g')
eine entsprechende Ausgabe mit Komma statt Leerzeichen liefert, falls dies so ist, sollte auch dieser Aufruf funktionieren:
pacman -Syu --overwrite $(echo $(cat DATEILISTE.txt) | sed -r 's/\s+/,/g')
Vermutlich geht es auch einfacher, aber in der momentanen Mittagspause denke ich mal nicht viel nach. ;-)