Die Ausgabe deckt sich genau mit den zwei von mir aufgeführten (Noch-)Problempaketen.
>Woher kommen denn jetzt noch die leeren Files
Du beziehst dich auf die Dateien mit Namen "files"? Wie gesagt, bei einigen Paketen sind die generell leer. Ansonsten stehen da drin Informationen zu jeder Datei die ein Paket mitbringt.
Bsp: kdepim-meta ist ein sog. Meta-Paket, daß bringt keine eigenen "Dateien" zum Installieren mit, sondern dient nur dazu andere Pakete als Abhängigkeiten nachzuinstallieren. Dort ist ein leeres "files" richtig.
Anders sieht das bei unseren 2 Problemkindern aus:
/var/lib/pacman/local/git-annex
/var/lib/pacman/local/plasma-workspace
Dort müßten alle (files,desc,mtree) Dateien auch richtige Metadaten haben. Haben sie aber nicht, da bei beiden im pacman lauf die Re-Installation abgebrochen wurde (wegen Dateikonflikten).
Erklärt daß das soweit?
Die bei beiden Paketen als Konflikt bemeckerten Dateien prüfen wir jetzt nochmal, ob diese nicht zu einem anderen paket gehören. Mit:
pacman -Qo /usr/lib/ghc-8.8.3/site-local/feed-1.3.0.1/Text/Atom/Pub/Export.dyn_hi
pacman -Qo /usr/lib/ghc-8.8.3/site-local/feed-1.3.0.1/Text/RSS1/Syntax.dyn_hi
pacman -Qo /usr/lib/qt/plugins/kpackage/packagestructure/plasma_packagestructure_wallpaper.so
/Edit: Du hast die Ausgabe-Liste oben ja nochmal verändert.
Abgesehen von den Meta-Paketen sind leere files bei allen anderen bis auf die hier genannten 2 Problemkinder i.O.
//Edit2: Das Paket systemsettings ist IMHO auch noch betroffen, das sollte soweit ich sehe auch Metadaten in files haben. Warum das bei der Suche mit pacman -Dk nicht auch auftaucht weiß ich nicht. Behalten wir im Kopf, später prüfen wir das sowieso nochmal für alle Pakete (in einem anderen Komplex).