Der/die angemeckerten Fonts kommen aus dem xorg-fonts-misc Paket. Ist der Pfad zu dem Fonts-Dir in deinem Font-Suchpfad?
xset q
sollte bei Font Path: /usr/share/fonts/misc enthalten
Gibt es eine fonts.dir in dem misc-Verzeichnis?
ls -l /usr/share/fonts/misc/fonts.*
Wenn nicht, dann schau hier mal rein zu den bitmap-Fonts und X11 als Ansatz:
https://wiki.archlinux.org/index.php/X_Logical_Font_Description
Funktioniert der "Standard-xterm-Font" (wahrscheinlich auch nicht, aber...)
xterm -fn "-misc-fixed-medium-r-semicondensed--13-120-75-75-c-60-iso8859-?"