Du musst halt die per "sudo make install" installierten Dateien identifizieren und manuell löschen. Falls du irgendwelche Konfigurationsdateien geändert hast, must du diese Änderungen auch manuell zurücknehmen.
Was beim Identifizieren helfen könnte, wenn der Makefile es unterstützt: Du machst ein
mkdir /tmp/unferfaenglich
und im Build-Directory ein
sudo make DESTDIR=/tmp/unverfaenglich
Zu allem was dann unter /tmp/unverfaenglich liegt, musses dann eigentlich unter /usr oder unter /usr/local eine Entsprechung geben. Wenn unter /usr/local, kannst du diese löschen. Falls unter /usr, solltest du herausfinden, ob die zu löschende Datei nicht irgendeinem Arch-Paket zugeordnet ist.
pacman -Qo <pfad/dateiname>
Wenn ja, installiere das Paket erneut.