Moin,
auch wenn das Thema einige Monate alt ist, habe zufällig vor paar Tagen etwas zu dem Thema gelesen in Bezug Kodi und Emulationstation.
Dort ging es darum, wenn man EmulationStation von Kodi aus startet, funktionieren sämtliche Controller oder generell Input Geräte nicht. Ursache war, dass Kodi beim starten sämtliche Input Geräte an sich zieht.
Lösung war grob, mittels udev Regel das ganze verhindern + Kodi killen und nachdem man mit Emulationstation fertig ist wieder starten.
Hier der Link:
https://yingtongli.me/blog/2016/12/22/kodi-retropie.html
Evtl. hilft das mal jemanden bzw. war hier das gleiche Problem vorhanden.