Versuche bitte einmal, ob es funktioniert, wenn dur das Paket classpath aus dem [community]-Repo installierst.
Edit: Zu spät gesehen, dass du es schon gelöst hast.
Um das Ganze etwas JAVER-Versions-generischer zu machen, sollte JAVA_HOME allerdings statt durch
export JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-7-openjdk/"
gesetzt werden durch
export JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/`archlinux-java get`/"
Installiert man allerdings das classpath-Paket, so liegt jni.h unter /usr/include und wird auf jeden Fall gefunden. Keine Ahnung ob das ein Bug oder ein Feature ist.