Mit
gksu thunar
geht das.
Thunar zeigt dann auch dick an, dass man als root unterwegs ist.
Natürlich muß dann auch gksu installiert sein.
Noch n' Tip:
Thunar kann mit userdefinierten Befehlen arbeiten.
Aufruf von Thunar als root im aktuellen Verzeichnis:
Unter bearbeiten, benutzerdefinierte Aktionen, Allgemein, Name: thunar als root, Befehl: gksudo thunar, Dateizuordnung Alle Haken setzen, Dateimuster *
Alles nur dann, wenns denn sein muß.