Wenn du die Icons komplett weg haben willst, musst du die Option "Den Dateiverwalter die Arbeitsfläche verwalten lassen" im Optimierungs-Werkzeug (gnome-tweak-tool) ausschalten.
Du kannst das via GSettings überprüfen:
$ gsettings get org.gnome.desktop.background show-desktop-icons
false
Und in Dconf unter /org/gnome/desktop/background/show-desktop-icons.
Du darfst auch nicht den Classic-Mode verwenden.