Vielleicht hilft dir das Thunderbird Add-On Gnome Integration:
https://addons.mozilla.org/de/thunderbird/addon/gnome-integration/
Laesst es sich installieren?
Schau auch mal hier:
http://askubuntu.com/questions/33614/why-do-firefox-and-thunderbird-not-use-notify-osd
Funktioniert es denn wieder, wenn du Firefox downgradest?