Das nennt sich usb autosuspend. Welches Programm hast du installiert, das für dich die Stromsparmechanismen aktiviert? Powerdown? In diesem Skript ist u.a. folgende Zeile
# usb autosuspend
for i in /sys/bus/usb/devices/*/power/autosuspend; do opt $i 10; done
Die macht genau das. Du kannst mit powerdown also nicht regeln, welche Geräte nicht einschlafen sollen. Was du machen kannst ist, mittels powertop (ist im Repo) die Einstellung wieder zu ändern.
Falls du laptop-mode-tools verwendest, dort sind Geräte konfigurierbar.