Man kann auch ohne vorher aufzutrennen mit ffmpeg die Audio-Spur einer mkv Datei konvertieren. Ich mach das immer mit:
ffmpeg -i infile.mkv -map 0 -codec:v copy -codec:s copy -codec:a ac3 outfile.mkv
wenn du mehrere Audio-Spuren hast und nicht alle konvertieren willst musst du noch die Nummer angeben, z.B. für die zweite Audio-Spur (a:0 -> 1.Spur, a:1 -> 2. Spur, usw.):
ffmpeg -i infile.mkv -map 0 -codec:v copy -codec:s copy -codec:a copy -codec:a:1 ac3 outfile.mkv
Oder so ähnlich, schau dir am besten mal die ffmpeg manpage an, bei dem 2. bin ich mir nämlich nicht so sicher, das 1. funktioniert aber für Dateien mit nur einer Audiospur, oder wenn du alle Spuren konvertieren willst auf jeden Fall.
Die gewünschte Bitrate kannst du dann natürlich auch so ähnlich für jeden einzelnen oder alle Streams angeben (z.B. -b:a 160k oder -b:a:1 128k).