rm löscht Files - alle Files (und Directories). Der Inhalt ist völlig egal.
Bastel es Dir selber, am Besten über md5sum nachschauen, ob es diesselbe ist und dann eins wegschmeissen. Sowas wie
md5sum * | sort > File
oder so. Damit solltest Du alle doppelten rausbekommen, da sie untereinander stehen.