Dann mache mal folgendes: Erzeuge eine Datei mit einem sehr auffälligen Namen, wie z.B: Hotte.1234567
Diese löschst du dann mit deiner sudo-Methode.
Nun nach dieser Datei suchen, z.B. mit
# updatedb
# locate Hotte.1234567
Das müsste dir anzeigen, wohin die Datei verschwunden ist.