Das kann zum einen die Kombination Grafikchipsatz+nvidia-Modul sein, es gibt einen auch bei nvidia bekannten Bug dzbgl., siehe u.a. diesen Thread:
https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php?id=136751
Downgrade von nvidia hat aktuell halt auch ein Downgrade des X-Servers zur Folge, da muß jeder selbst entscheiden was ihm wichtig ist...
Wir hatten aber letzt auch einen Fall, bei dem es "alte" Usereinstellungen im $HOME waren. Du könntest einen neuen User anlegen und für diesen den gleichen Windowmanager wie bei deinem Normaluser verwenden (aber halt nichts groß konfigurieren). Wenn es bei dem neuen User nicht auftritt ist die Ursache in $HOME, nicht systemweit. Dann kann man weitersehen.
Mit diesem neuen User kannst du auch ruhig mal einen anderen Windowmanager austesten (sowas wie fluxbox oder openbox ist ja schnell installiert). So könntest du sehen, ob die Ursache ggf. mit dem WM zu tun hätte...