Wäre natürlich auch interessant zu wissen, WARUM RAWTherapee öfter bei Dir abstürzt. Immerhin könnte man so evtl. schon mal eines der Probleme aus der Welt räumen ...
Ansonsten kann ich mit Deiner Beschreibung des Rauschens noch nicht allzu viel anfangen. Da wäre ein kleiner Ausschnitt hilfreich.
Die für Linux geeigneten RAW-Konverter findest Du (zumindest einen Teil davon) auch in der folgenden Übersicht:
http://www.digitalfototreff.de/viewtopic.php?f=31&t=21
Allerdings ist dabei auch Bezahlsoftware, sowie Programme, die nicht mehr vertrieben werden. Teilweise sind sie (wie Bibble und Corel After Shot) auf derselben Codebasis entstanden oder basieren auf UFRAW.
Vielleicht hilft es Dir etwas weiter. Mit Deinen Problemen, was das Rauschen angeht, befasse ich mich gerne, hätt dazu aber gerne mal ein verlinktes Original zum Rumprobieren. Ich selbst habe relativ viel mit Bildbearbeitung zu tun und bin dabei komplett mit Linux zu Gange.
VLG
Stephan