Ich selber kenne mich mit packagekit nicht aus.
Ich würde packagekit deinstallieren und danach noch mal ein update pacman -Syu durchführen. Damit wäre zu mindest alles aktualisiert.
Beachte diverse Nachrichten aktuelle Neuigkeiten zum Anpassen von diversen Dateien:
https://www.archlinux.de/
Danach könntest du versuchen packagekit nochmal neu zu bauen.