Pacman installiert die Extensions in
/usr/share/gnome-shell/extensions
Dort kannst dir deine ja rauskopieren und dann in deinen .local Ordner schieben. Danach deinstallierst du die Extensions ueber Pacman und kannst updaten ohne Probleme.
Um Probleme mit Gnome zu bekommen, würde ich eventuell die Shell mal neustarten. Kann auch sein, dass du deine kopierten Extensions dann nochmal aktivieren musst.
Über Firefox und die Website geht das alles auch viel einfacher. Mit einem Klick installiert und aktiviert. Über die Website installierte Extensions, kannst du ueber diese auch leicht wieder deinstallieren...oder halt einfach aus deinen .local Ordner löschen 😉