So habe nun doch noch die Lösung des Problems gefunden.
Es war wie vermutet der nvidia-Treiber der Ärger gemacht hat. Wenn irgendwer ähnliche Probleme bekommen sollte, kann er versuchen I3 mit dem Flag --force-xinerama zu starten:
~/.xinitrc:
...
exec I3 --force-xinerama
In den Wikis und auch auf der I3 Homepage gibt es zu dem Flag unterschiedliche Beschreibungen. Eigentlich sollte es nur gesetzt werden, wenn mehrere Monitore gleichzeitig verwendetet werden. Hintergrund ist wohl, dass der nvidia-Treiber xinerama nicht so unterstützt wie es eigentlich erwünscht wird.
Das steht auch im deutschen Archlinux-Wiki und auf der I3 Homepage unter dem Kapitel "Multi-Monitor". Im englischen Archlinux-Wiki und auch in der "Users-Guide" der I3 Homepage wird dagegen kurz erwähnt, dass das Flag bei binären nvidia Treibern auf jeden Fall gesetzt werden muss. Da ich mich zunächst nicht so tief in die Doku eingearbeitet hatte, nahm ich an, dass ich das --force-xinerama Flag nicht setzen muss.
An dieser Stelle auch einen dank an badboy. Durch das durcharbeiten des I3-Debug Protokolls konnte ich den Fehler soweit einkreisen, dass es an den nvidia-Treiber liegt. Den Fehler danach zu finden war dann dank googeln in den Dokus relativ einfach.
Viele Grüße Dirk