Meines Wissens ist ~/.config/autostart nicht für Executables (lies: Shellscripte), sondern für .desktop-Dateien.
Um ein Shellscript zu starten, muss also eine entsprechende .desktop-Datei in dem autostart-Verzeichnis liegen.
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=Mein Shellscipt
Exec=/home/user/scripts/startme.sh
Nachtrag: Bei mir ist unter GNOME3 auch noch ein "X-GNOME-Autostart-enabled=true" drin, keine Ahnung ob die nötig ist.