Im groben liest sich das so, wie ich das bei meiner Mini-Hosting-Lösung einsetze. Virtuelle User, ich hab dahinter noch die Userverwaltung per MySQL. Da ich mir das nicht selbst ausgedacht habe, hier die Quelle:
http://froxlor.org. Auch wenn Du das Panel nicht braucht, die Schripte zu Anbindung der Authentifizierung über SQL sind gut. Die Buben machen das für proftpd und pureftpd. Auf das SQL könnte man auch verzichten und das über Textfiles lösen. Die Rechtescripte und Tabellen müsstest Du bei dieser Variante noch ein wenig erweitern, aber das sollte auch kein Problem darstellen, das ist recht flach gehalten.