Ich hab gerade mal testweise mit LibreOffice zwei pdfs erstellt, einfach ein leeres Text-Dokument, einmal Hoch- und einmal Querformat. Das ist die Ausgabe
% pdfinfo hochformat.pdf|grep "Page size"
Page size: 612 x 792 pts (letter)
% pdfinfo querformat.pdf|grep "Page size"
Page size: 792 x 612 pts (letter)
Passt also perfekt.
Es gibt aber auch pdfs, wo ab und zu zwischen Hoch- und Querformat gewechselt wird. Ich weiß im Moment nicht wie ich da ne Datei zum Testen erstellen könnte, daher erstmal, ist das bei dir evtl der Fall?