Problem 2 habe ich gerade (mal wieder) gelöst:
Kopiere alle Dateien aus /usr/share/applications nach ~/.local/share/applications
Dann führe für jede ungeliebte Application bzw. Desktopfile einmal aus:
Programm ausführen:
echo "NoDisplay=true" >> ~/.local/share/applications/xfrun4.desktop
Hilfe:
echo "NoDisplay=true" >> ~/.local/share/applications/xfhelp4.desktop
Über Xfce4:
echo "NoDisplay=true" >> ~/.local/share/applications/xfce4-about.desktop
Logout:
echo "NoDisplay=true" >> ~/.local/share/applications/xfce4-session-logout.desktop
Für die exo-Dateien das selbe auch (exo-file-manager, exo-mail-reader, exo-terminal-emulator, exo-web-browser).
Dann sollte dein Menü so aussehen wie du es gerne möchtest...
Edit: Ui, hast den großteil ja schon selber rausgefunden...