Hallo,
also ich hab zur Zeit auch keinen Eintrag direkt für die InnoDB in meiner my.cnf - aber wenn ich einen
show engines;
absetze, dann zeigt er mir direkt an, daß Inno DB verwendet werden kann.
Hab auch mal testweise eine Datenbank angelegt und eine Tabelle (type=innodb). Scheint alles zu funktionieren. Nutze diesselbe MySQL Version.