LaTeX Font Warning: Font shape `OT1/cmr/m/n' in size <20> not available
Diese Meldung dürfte eigentlich schon gar nicht auftreten. Computer
Modern Fonts liegen seit langem im skalierbaren Type-1-Format
vor. Aber warum nimmst du die alte OT1-Kodierung? TeX kann dann Wörter
mit Buchstaben außerhalb des 7-Bit Zeichensatzes nicht korrekt
trennen. Schreib mal
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
in die Präamble.
Mit fmtutil dürfte dein Problem absolut nichts zu tun haben. Da gehts
um Formatdateien, und die müssen bei neu installierten Binaries neu
generiert werden. Die Meldung mit dem fehlenden map-File ist unschön,
aber ignorierbar.
Das Problem scheint zu sein, dass die Type-1-Versionen der skak-Fonts
offenbar ignoriert werden. Hast du noch irgendwo anders eine
pdftex.map? Funktioniert es, wenn du erst dvi erzeugst (also latex
ohne "pdf" davor aufrufst)?
Manchmal hilft auch
updmap-sys --syncwithtrees
als root.