Hm, ich habe es jetzt mal selbst getestet, lirc-serial als letztes zu den MODULES hinzugefügt, obige Zeile in /etc/modprobe.d/lirc-serial.conf eingetragen - funktioniert. Ohne lirc-serial.conf lädt das Modul dagegen nicht. Du könntest es auch per udev lösen
KERNEL=="ttyS0", RUN+="/pfad/zum/script"
Das kommt in eine *.rules-Datei unter /etc/udev/rules.d/. Sobald /dev/ttyS0 angelegt ist, wird das angegebene Script aufgerufen (muss ausführbar sein und sollte nur absolute Pfade enthalten).