Angeblich soll da der Switch --inplace helfen - laut Ubuntuusers-Forum:
http://forum.ubuntuusers.de/topic/rsync:-umlaute-werden-nicht-kopiert/
Hab es jedoch selbst noch nicht getestet, daher von mir ohne Gewähr 😉
edit: Lies dir noch die zweite Seite dort im Forum durch, dort steht etwas von Nebenwirkungen...
Vielleicht tauchen die bei dir dann auch auf :\