Wenn ATA-Festplatten vom BIOS nicht erkannt werden, liegt es nicht am Anschluss (ATA/IDE/EIDE haben die gleichen Steuerbefehle und eventuell ein paar mehr). Bei älteren BIOS-Versionen (So vor 4 - 5 Jahren) gab es teilweise das Problem, dass Festplatten > 32 GB nicht erkannt worden. Abhilfe schaffte hier die Jumperung, sofern es die Platte unterstützte oder eben ein zusätzlicher Controller.
Das deine Festplatten nach Monaten bereits defekte Sektoren hatten lag nicht an deinem Rechner, sondern an den Platten selbst. Ich selbst hab im PC meiner Eltern 2 baugleiche IDE Festplatten von WD drin (80 GB, P-ATA - Alter: 3 Jahre) und so funktionieren immer noch. Auch bekommen Festplatten bei extremen Temperaturen schnell nen Schuss weg, so sollte die Temperatur 60°C nie und 50°C nicht über einen längeren Zeitraum übersteigen.
@Gregor
Die Festplatte hätte auch erkannt werden müssen, wenn ein 40-poliges IDE-Kabel angeschlossen wäre aber für höhere Transferraten sollte es ein 80-poliges sein (EIDE-Kabel).