Das mit der shadow Datei kann ich mir nicht so recht vorstellen:
$ ls -l /etc/shadow
-rw------- 1 root root 437 24. Mai 12:52 /etc/shadow
Und bei mir funktionieren sowohl sudo, als auch das Desktopsperren.
Ich schiesse jetzt einfach mal ins Blaue und frage: Gibts denn seltsame Einträge in den einschlägigen Logdateien (vielleicht mal parallel auf einer Konsole beobachten, was passiert, wenn du versuchst dich vom gelockten Desktop wieder einzuloggen)? Ich spiele da jetzt auf /var/log/messages, /var/log/auth.log usw. an.
Ggf. führt dein Desktopenvironment noch weitere Logs oder es findet sich was in der Datei .xsession-errors in deinem Homeverzeichnis.
Meine persönliche Vermutung: Entweder haben sudo und desktop sperren zwei unterschiedliche Ursachen, oder etwas stimmt grundlegend mit den Authentifizierungsmechanismen in deinem System nicht.
Lg,
Vrob