Also ich denk eher, dass imagemagick die EXIF information invertiert und es deswegen dazu kommt, dass Thunar das gedrehte Bild wieder zurück dreht. Das Thunar sich bei unveränderten EXIF-Daten anders verhalten, ergibt für mich im Moment keinen Sinn; es sei denn es wäre sonst irgendwo notiert worden, dass das Bild gedreht worden wäre.
Jedenfalls: Ich vermute einfach mal, dass es beim Drehen eine konvertierung von JPG zu JPG stattfindet. Da JPG ein verlustbehaftetes Format ist, wirst du bei derartigen Konvertierungen immer ein Informationsverlust haben; unabhängig davon ob die Originalgröße beibehalten wurde oder nicht.
Zur Verlustminimierung ist möglicherweise die Quality-Option geeignet:
http://www.imagemagick.org/script/command-line-options.php#quality
Also "-quality 100" für das beste Ergebnis.
Alternativ könntest du, wenn dir Speicherplatz nicht so wichtig ist und du keine Informationen verlieren willst ins PNG-Format konvertieren.
Vielleicht wäre es aber am besten die EXIF-Informationen zu bearbeiten, statt das Bild zu rotieren; falls Thunar die wirklich berücksichtigt. Wie das mit Imagemagick geht, weiß ich im Moment leider auch nicht.