Die Dateien, die zu geany gehören, findest du mit
pacman -Ql geany
Das dürften noch ein paar mehr sein als die, die du gepostet hast. Falls es sich tatsächlich um ein Rechteproblem handelt, dürfte aber eher irgendwo in deinem Homeverzeichnis liegen. Gehört da irgendetwas root?
find ~ -exec ls -l {} \;|grep "root root"
Oder mal findbrokenpkgs laufen lassen.